生于大海，守护大海，去往大海—— 那就是蓝色人鱼！ 憧憬着守护海洋安全的职业蓝色人鱼进入横须贺女子海洋学校的岬明乃，被任命为航洋舰晴风的舰长，和同班的成员一同参加海洋实习。 本应是驱动舰船前往目的地的安全航海，但等待着她们的却是接连不断的危机。来自教员舰突然的发炮、与失控的其他学生舰的战斗、救难船的救护活动等等，她们历经千辛万苦地跨越了这种种困难，终于平安返回陆地，成员之间也由此结下了牢固的牵绊。 骚动后过了1个月，正在享受考试假期的晴风成员遭遇了新的危机——晴风班将面临解体。晴风成员在大为动摇的同时，再度团结一致，最终阻止了班级的解体，更进一步加深了牵绊。 之后，晴风解体危机之后3个月—— 在横须贺举办了包括吴、舞鹤、佐世保在内的全体女子海洋学校学生齐聚一堂、开展文化祭与体育祭的竞斗游戏会，明乃等晴风班成员也为了准备欢迎祭而忙成一团。 大和、信浓、纪伊等超大型舰的班级也都前来集会，就在各种各样的演出与竞技正火热的时候，新的危机正向她们逼近……！
