在萨托无能为力的情况下，尅娜盖策划了一个计划然而，在这一计划得以实现之前，它已经开始在接缝处裂开，AA金极端主义者行动起来，萨托可怕的真实形式变得众所周知。第二波“净化”开始，石丸,樱井,甲斐,李等要员按照暗杀名单的顺序相继殒命。面对恐怖分子的嚣张气焰，日本政府摆出了决不妥协的强硬姿态，势要和恐怖主义抗争到底。警察,对亚特选群,自卫队,美国国防总省以及亚人管理委员会工作人员户崎（樱井孝宏配音）和高中生亚人永井圭（宫野真守配音）全部被卷入这一系列事件中。身为亚人的恐怖主义者佐藤（大冢芳忠配音）计划结束第二波“净化”后，马上展开第三波恐怖活动。圭仔细推敲着佐藤的策略，终于发现其中不易察觉的破绽。史上最强大最为凶恶的恐怖主义，他们真正的目标究竟是什么？在第二季最后一集的时候发现佐藤的头被ibm打下来了，但他没有失忆，他还记得永井圭，但说话的语气明显变了，所以我推测他是换了种人格，这也符合佐藤一直想砍下永井圭的头，后来和田中在被炸之前，佐藤叫田中的名字叫错了，所以可能头被打下来后，记忆遂会恢复但记忆会混乱，关于爆炸的事情，我猜佐藤一定是在身内藏了个微型炸药，记得佐藤卖了很多器官吗，我怀疑佐藤会遗留一个器官，以防自己头被打下来，然后通过炸药把全身炸成粉末，已最大肉块生成原来的人格。
